Biserica "Sfantul Nicolae", alaturi de turnul clopotnitei, face parte din ansamblul Manastirii Popauti din Municipiul Botosani, Str. Stefan cel Mare, nr. 41 (in apropiere de gara). Intregul ansamblu manastiresc, formati din Biserica Sfantul Nicolae si Turnul Clopotnit, se afla pe lista monumentelor istorice din Judetul Botosani inca din anul 2004. In 2003, in urma sapaturilor arheologice efectuate in interiorul bisericii, a fost descoperita o necropola boiereasca. Aici, fiind inmormantati pe 3 niveluri, peste 25 de oamenii.

​

Biserica, care poarta hramul Sfantul Nicolae, a fost ctitorita de insusi domnitorul Stefan cel Mare in anul 1946. Aceasta a fost contruita in stil mordovenesc, iar la exterior are numeroase elemente decorative cu influente bizantine. Fatadele sunt si ele decorate cu arcade, firide si acnite. Ca si trasatura caracteristica biserica de distinge prin spatiul dedicat pronaosului, care pentru a mari spatiul destinat credincioslor, este mult mai mare pe latime decat naosul.

​

Pictura interioara a fost realizata in perioada 1522 - 1525 si partial s-a pastrat si astazi. Un tablou votiv il reprezinta pe ctitorul bisericii Stefan cel Mare impreuna cu sotia sa, Maria Voichita.

​

Biserica "Sfantul Nicolae" se mai numeste si Sfantul Nicolae Domnesc deoarece in acele vremuri Dorohoiul era resedinta secundara a domnului Moldovei inca din vremea lui Alexandru cel Bun, apoi in 1499 cand stefan cel mare invinge ostile polone conduse de Ioan Albert, acesta se retrage la Dorohoi pentru "odihna si reculegere".